특수선 시스템 연구실은 특수선박(함정, 잠수함 등)의 효과적인 임무수행에 필요한 생존성 강화를 위한 연구개발 및 열전달 문제와 관련한 응용기술(비파괴, 감시, 의료 등)의 연구와 해당분야 관련 인력양성에 목적을 둔다. 본 연구실의 연구 분야는 크게 군수분야 및 민수분야로 구분할 수 있다. 군수분야로는 해군 함정 및 특수 목적 선박 등 유사 실적선 또는 건조 경험이 없는 신형식 특수선박 개발 연구와 초기 계획 및 개념 설계 등 다양한 설계 요구 조건에 맞는 기술들을 개발하는 연구를 수행한다. 민수분야로는 해양 신재생에너지 연구, 열화상 시스템을 이용한 용접과정의 정량적 온도 계측 등과 관련된 연구를 수행한다. 또한 본 연구실에서 보유하고 있는 여러 장비(적외선 카메라, 다양한 계측장비 등)들을 이용하여 직접 실험을 해보며 다양한 연구 활동을 할 수 있다.